تهدف رسالة  كلية الصيدلة جامعة سوهاج الى تخرج صيادلة قادرين على تقديم خدمات صيدلانية وصحية للمجتمع عن طريق تزويد الطلاب بالمعلومات وترسيخ المفاهيم الصيدلانية الصحيحة في خريج الكلية . كماتشمل الرسالة القيام بإجراء بحث علمي يسهم في تطوير الخدمات الصيدلية والطبية داخل المجتمع كما تهدف رسالة الكلية الى تشجيع التفاعل الايجابي مع البيئة المحيطة وكذلك التعاون الصحي المثمر بين خريج الكلية والمجتمع وتقديم تعليم صيدلي مستمر .